Sorti à peine cinq mois après le Wonder Stadium original, Wonder Stadium '99 n'ajoute pas grand-chose en termes de gameplay. Cette mise à jour ajoute au jeu des informations sur la saison de baseball japonaise de 1999, telles que Matsuzaka de Seibu et Uehara des Giants de Yomiuri.
Le jeu vous propose une sélection de 14 équipes fictives et professionnelles ainsi que trois stades différents, tout comme le faisait l'original.
