Les événements de Suikoden III se déroulent seize ans après ceux décrits dans son prédécesseur. Le jeu conserve de nombreuses fonctionnalités de gameplay distinctives des épisodes précédents de la série, y compris l'équipement de runes magiques avec des utilisations de sorts limitées au lieu du système de points magiques plus courant; la possibilité de recruter 108 personnages (Stars of Destiny), dont beaucoup peuvent participer à des batailles ; customisation d'un château servant de quartier général de l'armée, etc. Les mécanismes de combat tactique de l'armée sont similaires à ceux employés dans le deuxième volet.
