Dans une quête héroïque et comique à travers plus de 20 niveaux de plate-forme, de conduite et de glisse, Bob l'éponge et Patrick quittent Bikini Bottom et voyagent vers des terres nouvelles et inexplorées. Les joueurs rejoignent leur lutte pour vaincre le plan diabolique de Plankton visant à conquérir le monde... Plan Z ! Le plancton a volé la couronne du roi Neptune et pris le contrôle de la ville de Bikini Bottom, rejetant carrément la faute sur M. Des crabes. Ensemble, Bob l'éponge et Patrick doivent se rendre dans la lointaine Shell City pour récupérer la couronne, retourner à Bikini Bottom et sauver la ville et M. Des crabes.
