Secret of Mana est un RPG d'action, proposant des combats de style hack-and-slash en temps réel, dans lequel jusqu'à deux compagnons contrôlés par ordinateur peuvent vous accompagner. Le protagoniste a une jauge d'endurance : plus il a d'endurance, plus sa frappe est puissante. Le joueur a également accès à un arsenal grandissant de sorts aux effets variés. Il est possible d'améliorer les armes, l'armure et la magie à des niveaux supérieurs.
