LEGO Star Wars III: The Clone Wars se basa en la serie animada de televisión Star Wars: The Clone Wars. Como de costumbre, el juego vuelve a contar escenas del original mientras reemplaza todo y a todos con ladrillos LEGO. También pone el humor en juego; en su mayoría payasadas y, a menudo, basadas en el hecho de que las construcciones de LEGO son frágiles.
Al igual que los predecesores, este juego se basa en las tres campañas cooperativas. Los jugadores eligen uno de los muchos personajes de Star Wars para correr a través de los niveles. Estos consisten en muchos combates basados en la acción, plataformas y rompecabezas, que requieren la cooperación de ambos personajes. El juego se juega solo; luego, la IA recoge el segundo carácter.
