Mortal Kombat: Mystification (Mortal Kombat: Deception en anglais) sort en 2004 et se concentre sur un gain de viabilité pour le jeu compétitif. Le jeu reçoit un très bon accueil et des très bonnes notes de la presse spécialisée, et inclut énormément de contenu supplémentaire : plus de personnages et surtout un mode Histoire beaucoup plus complet que dans les opus précédents de la série.
